Le jeu commence en 2051 au centre d'étude de l'être humain, Myra Loubi, jeune femme atteinte d'une maladie génétique, tombe dans un comas qui ressemble à une sorte de métamorphose. Les dirigeants du centre décident de tenter de transférer son esprit dans un clone dont le génome à été rectifié. Pour y parvenir, le centre fait appel au plus compétent de ses chercheur Hinoro Kiroshi spécialiste des flux énergétiques corporels. Avec l'aide de Lytgaï Orik, jeune homme amnésique détenu au centre pour une raison qu'il ignore mais dont les capacités intellectuelles sont incomparables à celles d'un être humain moyen, Hinoro Kiroshi réussit à créer un dispositif de transfert d'énergies et à effectuer la transplantation. Peu après, Myra revient au centre pour connaître les causes de sa maladie. Suite à une longue discussion avec Lytgaï elle décide de le faire sortir du centre sous sa responsabilité pour qu'il l'aide dans sa recherche. Après avoir consulté quelques archives, Myra et Lytgaï partent au Pérou pour chercher de nouveaux indices ...